阵容搭配的核心在于角色间的技能互补与羁绊联动。游戏内存在多种特殊组合奥义，例如鹿丸、丁次、井野的猪鹿蝶组合，鸣人、四代火影、玖辛奈的真太极螺旋丸，以及迪达拉与蝎的究极艺术。这些组合不仅还原了原著中的经典联动，还能在战斗中触发高伤害或特殊效果。合理利用这些组合可以显著提升团队战斗力，尤其在面对高难度关卡或PVP对战时更具优势。
游戏中的阵容构建需兼顾攻击、防御与辅助角色。鸣人（九尾模式）作为高爆发输出，可搭配四代火影的尾兽连弹快速清场；宇智波佐助与鼬的天照二重则擅长单体压制。防御型角色如初代火影千手柱间，其与宇智波斑的意气之争组合能提供强力控场。辅助角色如春野樱（百豪形态）可为团队提供治疗和增益，搭配雏田的柔风螺旋双狮拳能形成攻守兼备的体系。
解锁特定角色是组建理想阵容的前提。部分角色需通过推进主线任务或参与限时活动获取，例如晓组织成员迪达拉、蝎等。生存模式是解锁全人物的主要途径之一，但部分高难度关卡如咒印模式需反复尝试。积分兑换和商店购买也是补充角色的有效方式，但需合理规划资源。
利用卡卡西与迈特·凯的永远的死对头组合快速突进，或通过飞段与角都的终极超越死亡之恐惧持续消耗对手。站位安排上，前排应放置防御型角色吸收伤害，中后排则部署输出与辅助角色。技能释放时机也至关重要，例如团队终极忍术需在同伴未被击倒时发动，且连续攻击后衔接普通忍术可防止敌人瞬身逃脱。
玩家可通过反复试验不同组合，逐步掌握各阵容的优劣，从而在各类战斗场景中占据主动。
