副本挑战是玩家提升战力的重要途径，而选择合适的忍者能大幅提高通关效率。精英副本与普通副本的敌人强度差异明显，前者以BOSS级敌人为主，后者则侧重杂兵群战。忍者选择需综合考虑输出能力、技能范围、生存性能及副本特性，例如部分忍者针对特定关卡有克制效果。三星通关精英副本可解锁扫荡功能，而合理搭配阵容是达成这一目标的关键。
从忍者类型来看，高爆发型忍者如宇智波佐助永恒万花筒、漩涡鸣人六道模式适合快速击杀BOSS。佐助的雷遁技能兼具控制与高伤，而鸣人的多重影分身和尾兽化能有效应对群体敌人。辅助型忍者如春野樱则提供治疗与防御增益，延长队伍生存时间。拥有范围攻击的忍者如天天能高效清理杂兵，但面对单体BOSS时表现较弱。忍者品质与星级同样影响实战效果，高星级忍者的属性成长更优，技能效果也更显著。
水属性副本中，火遁忍者可能受压制，而雷遁忍者则能发挥优势。部分副本要求快速击杀特定目标，高机动性忍者如犬冢牙更为适用。忍者技能的冷却时间与查克拉消耗需纳入考量，频繁使用大招的忍者可能因资源不足而中断连招。玩家需根据副本机制调整阵容，而非单纯依赖忍者评级。
资源分配是长期提升副本表现的核心。优先培养主力忍者至五星，并集中升级其关键技能。扫荡已通关的精英副本可稳定获取忍者碎片，但需注意每日挑战次数限制。对于新手，建议初期选择泛用性强的B级忍者如秋道丁次或天天，其碎片易获取且技能实用。进度推进，可逐步替换为S级忍者以应对高难度副本。
熟悉敌人行动模式、合理释放奥义技能、及时切换忍者补位，均能弥补战力差距。玩家需通过实战积累经验，逐步优化自己的副本打法。
