在元气骑士中开启隐藏关卡出入口主要有三种方式：通过特定地图的机关解谜、完成武器献祭流程以及使用特殊道具暴力破解。其中墓穴关卡需要通过遗迹地图1-5层后的石碑解谜，沼泽关卡则需在森林地图向奉献池投掷武器累计5点献祭值，而溶洞关卡则需在冰雪关击败BOSS后解救矿工触发。这三种隐藏关卡的开启机制各具特色，需要玩家掌握不同的技巧才能成功进入。
墓穴关卡的开启需要玩家在遗迹地图击败1-5层BOSS后，进入额外房间攻击石门触发谜题。谜题要求玩家在规定时间内将相同符号的石块连接并填满所有格子，连接路径必须经过每个空白格子。解谜成功后石门会打开出现传送门。这个谜题有时间限制，当门上的六个发光符号全部熄灭即宣告失败。若解谜困难，可以使用红武一拳或超级大宝贝儿直接攻击石门强行开启，但这种方法需要提前准备特定武器。
沼泽关卡的开启流程较为特殊，玩家需要在森林关普通房间中找到奉献池。向池中投入武器可获得献祭值，白色武器1点、绿色2点，品质越高点数越多。累计达到5点献祭值后，最终BOSS会强制变为变异的哥布林祭祀，击败后会出现紫色传送门通往沼泽关卡。该关卡的地形特点是存在减速的沼泽区域，玩家需要特别注意移动节奏。向奉献池投入10把红武可解锁笃信成就，虽然该成就没有实际奖励。
溶洞关卡作为最早推出的隐藏关卡，其开启方式相对直接。玩家在冰雪关击败BOSS后，有概率看到被堵住的道路和掉落的牢笼，解救其中的矿工并对话即可开启通往溶洞的矿洞入口。5.0.0版本后，使用矿工角色可直接越过障碍到达矿洞。该关卡的特殊地形是滑溜的冰面，且冲击波可能引发坠落的冰刺，对玩家操作要求较高。三个隐藏关卡都设有专属BOSS，击败后能获得特殊材料和成就奖励。
隐藏关卡的通关奖励包括专属成就、背景音乐磁带以及稀有材料。达成谜中谜成就需要通关全部三个隐藏关卡，奖励是混剪版背景音乐神秘大碟。在无伤击败隐藏BOSS时还能获得特殊BUFF，但复活后会转为DEBUFF。建议玩家在挑战前做好充分准备，包括携带适合的武器和天赋。每个隐藏关卡都有独特的机制和挑战，需要玩家反复尝试才能完全掌握。
